michaelrw
2016-12-12 09:40:57 UTC
不，這不是“家庭作業”。我是一名博士生，這是最近在一家期刊俱樂部的盡頭提出的，一位PI提出了這個問題，並告訴我們考慮一下。聽起來很簡單，但有點讓我感到困惑。
總蛋白凝膠：收集來自不同細胞群體的細胞裂解液，這些細胞裂解液位於不同部位細胞週期，在凝膠上電泳並觀察任何循環表達。這似乎還可以，但我覺得它存在一些問題：1）識別處於不同周期階段的細胞群； 2）其他大小相同/相似的蛋白質無法區分。
某些RNAi，敲除等。我們不知道我們要處理的內容，因此什麼也做不了。
具有質譜的下拉分析：我不除了了解蛋白質之間的相互作用外，還對它了解很多。不確定在這裡是否合適。
就模型而言，我在思考酵母或永生化的哺乳動物細胞系。
如今，一個人可以相當輕鬆地進行全基因組的基因敲除實驗，因此，不要立即放棄RNAi / siRNA。您選擇哪種工具將取決於您使用的模型。如果是酵母，您可以使用許多經過驗證的工具，包括* S中每個單個基因的突變體/敲除。 cerevisiae *基因組，用於觀察蛋白質-蛋白質相互作用的雙雜交系統，通過表達目的基因表達時的熒光或酶促活性來指示的報告基因構建體，以及其他。
對於酵母菌，人們過去通常依賴於突變體/敲除，而與其他生物相比，這些突變體/敲除據認為很容易使用HR產生。對於動物細胞，人們廣泛使用高通量RNAi / CRISPR-Cas篩選來鑑定基因的功能。如果您具有蛋白質序列，則可以表達它並產生針對它的抗體。使用抗體，您可以通過Co-IP-MS識別蛋白質與蛋白質的相互作用，而可以使用ChIP-Seq（對於TF）或CLIP-RNAseq（對於RBP）分別識別蛋白質-DNA和蛋白質-RNA相互作用。總的來說，您的問題很廣泛。您應該縮小範圍。